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Per una corretta tutela dell’ambiente, le Aree Marine Protette vengono suddivisa in tre distinte zone a diverso grado di tutela che, pur non prevedendo un limite assoluto alle tradizionali attività legate al mare, ne regolano lo svolgimento in base alle diverse necessità di conservazione. 
L’Area Marina Protetta Capo Carbonara ha introdotto una quarta Zona; la zona D é una nuova zona detta di “Riserva sperimentale”, costituita da una fascia cuscinetto di larghezza di due miglia. L'intento è quello di assicurare la massima protezione degli ambiti di maggior valore ambientale che ricadono nelle zone di riserva integrale (zona A), applicando i vincoli stabiliti dalla Legge. Con le zone B, C e D si vuole assicurare una gradualità di protezione coniugando la conservazione dei valori ambientali con la fruizione e l’uso sostenibile dell'ambiente marino.
Le quattro tipologie di zone sono delimitate da coordinate geografiche e riportate nella cartografia allegata al Decreto istitutivo pubblicato sulla Gazzetta Ufficiale, Inoltre i limiti delle zone A sono segnalati da boe a mare e da pali a terra, di colore giallo, muniti di lampeggiante notturno.

• Zona A, di riserva integrale, interdetta a tutte le attività che possano arrecare danno o disturbo all'ambiente marino. La zona A è il vero cuore della riserva. In tale zona, individuata in ambiti ridotti, sono consentite in genere unicamente le attività di ricerca scientifica e le attività di servizio autorizzate. 
• Zona B, di riserva generale, sono consentite e regolamentate dall'organismo di gestione, una serie di attività che, pur permettendo una fruizione dell'ambiente, influiscono con il minor impatto possibile.
• Zona C, di riserva parziale, sono consentite e regolamentate dall'organismo di gestione le attività di fruizione e l’uso sostenibile del mare di modesto impatto ambientale. Questa zona rappresenta la fascia tampone tra le zone di maggior valore naturalistico e i settori esterni all'area marina protetta.
• Zona D, di Riserva Sperimentale, prolunga di due miglia la distanza dalla costa, costituisce un ulteriore fascia tampone aggiungendo un importante elemento di protezione.