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Per quel che riguarda la fauna terrestre è degno di nota il popolamento avifaunistico legato soprattutto alla stazione dello stagno di Notteri, frequentato da specie di interesse comunitario come il Fenicottero, la Garzetta, il Gabbiano corso, la Sterna comune e il Fraticello.
Si segnala anche la presenza del falco Pellegrino, il Marangone dal ciuffo, la Magnanina sarda, il Calandro, la Calandrella, l'Averla piccola e le Berte dell'Isola dei Cavoli.
Documenti del XIII secolo, riferiscono della nidificazione di falconi nel territorio di Villasimius, la cui abilità venatoria veniva sfruttata per la caccia reale. Si suppone si trattasse del Falco della regina.
Le isole, gli isolotti, le coste rocciose, i sentieri costieri, le spiagge e le zone umide di Villasimius sono ambienti molto importanti per la biodiversità animale che ospitano: sono infatti l'habitat ideale non solo di molte specie di uccelli ma anche rettili ed anfibi. Le coste rocciose, ripide e verticali, sono il luogo ideale per la riproduzione di molti uccelli, soprattutto per la difficoltà di accedervi in quanto garantiscono al nido una buona protezione dalle varie specie di predatori, fra cui l'uomo stesso.
Tra le specie di uccelli che nidificano nel territorio di Villasimius ricordiamo la berta maggiore (Calonectris diomedea), uccello marino che non frequenta mai la terraferma e che dorme in mare avvicinandosi alle coste solo nel periodo riproduttivo.
Un'altra specie nidificante è il marangone dal ciuffo (Phalacrocorax aristotelis), specie stabile che vive nelle coste rocciose.
Molto simile al cormorano, si distingue da questo per la sagoma più snella, le dimensioni inferiori e la presenza del ciuffo. Si ciba di pesci, crostacei ed altri invertebrati marini, sia in prossimità della costa che al largo, ricercando il cibo a profondità variabili fino anche a 80 m.
Sono presenti inoltre due specie di gabbiano: il gabbiano reale (Larus michahellis), che nidifica a Villasimius
e il gabbiano corso (Larus audouinii) di cui sono stati accertati diversi tentativi di nidificazione falliti per diverse cause.
Il gabbiano corso si distingue dal gabbiano reale per il corpo più snello ed elegante, il becco di color rosso con la punta barrata di nero e giallo e le zampe grigio-verdastre. La specie è endemica del Mediterraneo e ad alto rischio di estinzione.
Nella spiaggia di Porto Giunco lungo le rive dello Stagno di Notteri, nidifica il fratino (Charadrius alexandrinus alexandrinus).
Una curiosità su questo piccolo uccello è che spesso si accovaccia a terra fingendosi ferito o simulando la morte, e per proteggere i pulcini nel nido, inizia a volare emettendo un canto particolare, attirando così l'intruso lontano dal nido.
Oltre ai predatori naturali come il gabbiano e le cornacchie, che possono predarne le uova, le minacce maggiori sono date dal disturbo dato dalle attività umane lungo i litorali e in alcune zone umide costiere: la presenza dell'uomo o di cani, gli interventi di rimozione dei detriti dagli arenili durante il periodo della riproduzione e nidificazione, purtroppo ne stanno compromettendo la sopravvivenza.
Tra gli anfibi, soprattutto in prossimità delle zone umide di Su Stangioni e Notteri, è possibile incontrare il rospo smeraldino italiano (Bufo balearicus) e la raganella tirrenica (Hyla sarda), specie endemica dell'area del Tirreno, molto rara a livello nazionale ed europeo.
Tra le specie di rettili presenti nella costa, nelle isole di Serpentara, dei Cavoli e negli altri isolotti, si evidenzia la lucertola tirrenica (Podarcis tiliguerta), endemismo sardo corso, diffusa in tutto il territorio
di Villasimius e in particolare nelle Isole dei Cavoli e di Serpentara.
Tra i rettili dell’ordine dei Cheloni ricordiamo la testuggine palustre europea (Emys orbicularis)
presente nel Rio Foxi e la testuggine di Hermann (Testudo hermanni hermanni),
che nidifica nelle località di Su Stangioni e di Molentis.
Tra i Mammiferi, a parte diverse specie di roditori, troviamo la Lepre sarda (Lepus capensis mediterraneus), la Volpe (Vulpes vulpes ichnusae), la Donnola (Mustela Nivalis Boccamela). La fauna dell'ambiente marino è ricca e varia tanto quanto lo sono gli ambienti marini, che possiamo distinguere in fondali (dominio bentonico) e massa d’acqua sovrastante (dominio pelagico).